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Desarrollo de pipeline bioinformático para la detección de genes de resistencia a antibióticos en bacterias asociadas a la dieta de Ceratitis capitata.

Resumen

En este proyecto, se desarrolló y validó un pipeline bioinformático destinado a la identificación de genes de resistencia a antibióticos en bacterias, particularmente, aquellas que forman parte de la dieta de Ceratitis capitata. La necesidad de este pipeline surge de la urgencia de comprender y mitigar los riesgos asociados con la liberación de insectos que pueden portar bacterias resistentes a antibióticos, lo que tiene implicaciones significativas para la salud pública. El pipeline se diseñó para ser accesible y fácil de usar, permitiendo que usuarios sin conocimientos avanzados en bioinformática puedan operarlo. Utiliza herramientas estándar de bioinformática como fastp y SPAdes para procesar secuencias de ADN; y está equipado para proporcionar, no solo identificaciones de genes de resistencia, sino también información detallada sobre el genoma a lo largo de cada etapa de análisis. Se validó utilizando un protocolo basado en el modelo de Neisseria meningitidis, empleando métricas como exactitud, precisión, sensibilidad y especificidad, las cuales demostraron la efectividad del pipeline al identificar los genes de resistencia. La aplicación del pipeline a muestras reales reveló la presencia de múltiples genes de resistencia, subrayando su relevancia y utilidad práctica. (LA)