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El cacao (Theobroma cacao L.) es una planta arbórea perteneciente a la familia Malvaceae, popularizado gracias al uso de sus semillas en el proceso de producción del chocolate. Fue de alta importancia para las civilizaciones mesoamericanas, especialmente en Guatemala, siendo aprovechada por los mayas para elaborar bebidas y utilizando las semillas como moneda. Existen tres principales variedades de cacao: criollo, forastero y trinitario, cada una con características distintas utilizadas en el sector agrícola. En Guatemala, si bien no juega un rol importante en los ingresos económicos totales del país, trae beneficio a una gran cantidad de familias del área rural, generando aproximadamente 9.34 millones de quetzales anuales (ENAC, 2016) gracias a la generación de empleos por el cultivo del fruto.
El objetivo de este estudio fue llevar a cabo una caracterización botánica y molecular de 34 árboles de T. cacao obtenidas de 10 fincas en la región de la costa sur de Guatemala. Estos fueron árboles élite seleccionados por los agricultores. Para la caracterización botánica se llevó a cabo una medición de 26 caracteres de las estructuras del árbol, hojas y flores. Utilizando los datos obtenidos en la caracterización botánica, se llevó a cabo un análisis de correlación canónica (CCA). Para la caracterización molecular, se llevó a cabo la ampliación utilizando marcadores microsatélites (SSRs), con un total de 10 marcadores polimórficos, analizados utilizando geles de poliacrilamida. Con los datos de la caracterización molecular, se llevó a cabo un análisis de componentes principales (PCA), un análisis de escala multidimensional no métrica (NMDS), y un dendrograma elaborado a partir del índice de disimilitud de Bray-Curtis. Las variables morfométricas utilizadas en el análisis CCA no mostraron una significancia positiva (p < 0.1) al evaluar el modelo a través de una ANOVA, lo cual no permitió generar la gráfica del CCA. Se observó una diferenciación clara entre el pataxte (Theobroma bicolor L.) y el cacao en los análisis moleculares. Se encontró una agrupación pequeña de las muestras evaluadas que consiste en las muestras Sur10c, Sur12c, Sur07c y Sur08c, posiblemente estén relacionadas genéticamente. La muestra Sur16c es la muestra con mayor similitud al cacao criollo “Yucatan Greenhouse”.
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