Publicación: Comparación de perfiles metagenómicos de fermentación de cacao de datos publicados en servidores públicos, con información de distintos orígenes de países productores de cacao
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Resumen en inglés
The aim of this study was to compare the metagenomic profiles of the cacao fermentation process from six different sites. Bioinformatics analyses were performed using six databases from Mexico, Costa Rica, Cameroon, and Colombia. The dada2 package in RStudio was used, followed by a 16S rRNA cleaning analysis and taxonomy assignment to the samples. Subsequently, the relative abundance and species richness were determined, and the samples were compared using alpha and beta diversity indices. A statistical analysis was conducted, and the results were compared with global market prices according to Selina Wamucii (2023), whose study indicated that cacao from Mexico was the highest priced, ranging from 4.10 to 5.00 USD per kilogram. Abundance analyses revealed a significant presence of the Proteobacteria phylum at all sites except Mexico, which is consistent with the ecological significance of cacao fermentation. The dominance of the Actinobacteriota phylum in Mexico suggests antimicrobial benefits and potential biocontrol. Additionally, the Cyanobacteria phylum, observed in Cameroon and Costa Rica, could influence the final product's composition due to its nitrogen-fixing capabilities and production of bioactive compounds. High alpha diversity, especially in Colombia and Costa Rica, indicates very rich microbial communities. Despite the geographical differences, no significant differences were found between the samples. Finally, this study highlights the complex interaction between microbial diversity, market quality, and market perception. Despite the limitations, it provides valuable insights into microbial diversity at the studied sites, but emphasizes the need for careful interpretation of the results. It also suggests areas for future research in this field.
Resumen en español
El objetivo de este estudio fue comparar los perfiles metagenómicos del proceso fermentativo del cacao de seis sitios distintos. Los análisis bioinformáticos se realizaron utilizando seis bases de datos provenientes de México, Costa Rica, Camerún y Colombia. Se hizo uso del paquete dada2 en RStudio, se realizó un análisis de limpieza de ARNr 16S y se les asignó taxonomía a las muestras. Posteriormente, se determinó la abundancia relativa y riqueza de las especies presentes y se compararon las muestras utilizando índices de diversidad alfa y beta. Se llevó acabo un análisis estadístico y se compararon los resultados con los precios de mercado mundial según Selina Wamucii (2023), cuyo estudio presentó que el cacao proveniente de México era el mejor cotizado, con un precio de 4.10 a 5.00 USD por kilogramo. Los análisis de abundancia revelaron una presencia significativa del filo Proteobacteria en todos los sitios, con excepción de México, lo cual es consistente con la significancia ecológica de la fermentación de cacao. La dominancia del filo Actinobacteriota en México sugiere beneficios antimicrobianos y un potencial biocontrol. Asimismo, el filo Cyanobacteria, observado en Camerún y Costa Rica, podría influir en la composición del producto final, debido a sus habilidades fijadoras de nitrógeno y producción de compuestos bioactivos. La alta diversidad alfa, especialmente en Colombia y Costa Rica, indican comunidades microbianas muy ricas. A pesar de la diferencia geográfica, no se encontraron diferencias significativas en las muestras. Finalmente, este estudio subraya la interacción compleja entre la diversidad microbiana, la calidad del mercado y la percepción del mercado. A pesar de las limitaciones, el mismo contribuye con perspectivas valiosas a la diversidad microbiana en los sitios de estudio, pero enfatiza la necesidad de interpretación cuidadosa de resultados. Asimismo, sugiere áreas para investigaciones futuras en este campo.
