Análisis bioinformático de sitios conservados de glicoproteínas presentes en eritrocitos humanos, mediante técnicas de modelado por homología.

Abstract

Este trabajo de graduación se enfoca en el análisis de los sitios conservados y desorden entre las glicoproteínas que forman parte del factor Rh. Este factor es un componente sanguíneo que indica la presencia u ausencia de los antígenos D en los glóbulos rojos de la sangre. Los sitios con servados son las secciones de las proteínas que no cambian a través de la evolución que se sufre. [Stojanovic .Stojanovic .1999] Al realizar este análisis y encontrar los sitios conservados podemos observar la conservación entre familias de proteínas y analizarlas estructuralmente. Estos modelos de las estructuras serán analizados para comprobar la hipótesis de la conservación y variaciones de las glicoproteínas que se encuentran en el mismo Rh. Con estas diferencias se comprueba la con servación estructural y la forma en que los cambios en la estructura podrían llegar a cambiar la función. Toda la investigación de sitios conservados y desorden de la proteína es el inicio para poder dar origen a la transformación experimental de las estructuras para cambiar el tipo de sangre de una muestra. En este trabajo no se realizará nada experimental, se hará todo el análisis bioinformático necesario para poder lograr el trabajo de laboratorio. Este análisis se inició con la búsqueda de proteínas relacionadas a las codificadas del gen presente en el factor Rh. Los datos utilizados son secuencias disponibles en la base de datos Uniprot. Estos datos fueron analizados mediante arboles filogenéticos, modelados por homología, gráficas del desorden, alineación de la secuencia y las es tructuras tridimensionales. Los árboles filogenéticos ayudaron a identificar las relaciones evolutivas entre las secuencias. Así como la relación que esto tiene con las regiones conservadas. Al realizar los modelos por homología se generaron gráficas que ayudaron a clasificar los modelados como buenos o malos. A este análisis se le agregan las regiones desordenadas y se concluye cómo estas regiones pueden afectar o no la calidad de la estructura. Mediante el proceso de alineación de secuencias se comparó estructuralmente la conservación de las secuencias así como la calidad de los modelos. Se encontraron varias regiones conservadas en las proteínas estudiadas. También se pudo relacionar esta conservación con la evolución de las proteínas. Como último resultado se logró analizar el desorden de cada modelado para determinar si este era un factor importante en la calidad del modelo. (LA)