Diseño in silico de un método de detección por medio de la técnica de RT-PCR diferencial para coronavirus respiratorio porcino y virus de la gastroenteritis transmisible en muestras de hisopado nasal de cerdo doméstico, Sus scrofa.

Abstract

El complejo respiratorio porcino (CRP) representa una gran amenaza para la industria porcina. Se caracteriza por coinfección de patógenos virales y/o bacterianos, disminuyendo la tasa de crecimiento de los cerdos y frecuentemente causando su muerte. El coronavirus respiratorio porcino y el virus de la gastroenteritis transmisible (TGEV), que son muy similares a nivel genómico, pueden participar en el CRP. Es importante diagnosticar y determinar la prevalencia de estos virus porque coinfecciones de estos con otros patógenos pueden ser muy perjudiciales. Por esto, el objetivo del estudio fue diseñar un método de diagnóstico molecular que permita detectar y diferenciar a estos dos virus por medio de RT-PCR convencional, diseñando cebadores para la amplificación de la región de la glicoproteína espiga (S) específica del TGEV y de la región ORF1 (open reading frame 1) conservada en ambos virus. Esto se realizó con ayuda de herramientas bioinformáticas para el diseño de cebadores, evaluación de parámetros de calidad y especificidad de los mismos. Se obtuvo tres juegos de cebadores específicos para la región S del TGEV y dos para la región conservada, compatibles con hisopados porcinos. Estos últimos podrían amplificar también coronavirus canino y felino, pero por la naturaleza de las muestras, no suponen un problema para la efectividad del método.