Diseño in silico de un aptámero de ARN con afinidad de unión a la proteína transialidasa de Trypanosoma cruzi.

Abstract

La enfermedad de Chagas constituye un problema sanitario en los países de América Latina ya que la población que habita en zonas de riesgo supera los 70 millones. Además, la realización de pruebas de detección masivas está limitado por la escasez de personal calificado, el costo elevado de las pruebas, el tiempo requerido para su realización o la ausencia de la infraestructura apropiada. En el presente estudio se evaluó el potencial de aptámeros de ARN diseñados de novo mediante un enfoque in silico como herramientas para la detección de la proteína transialidasa de Trypanosoma cruzi, el agente causal de la enfermedad de Chagas. Los aptámeros se seleccionaron a partir de una librería optimizada de 5 mil oligonucleótidos de ARN. Se seleccionaron los treinta oligonuleótidos con mayor probabilidad de interacción con TcTS según el predictor de interacciones RPISeq. Se modelaron sus estructuras secundarias y terciarias y se cauntificó su energía de acoplamiento con las proteínas transialidasas de T. cruzi (TcTS) y T. rangeli (TrTS) en las plataformas HDOCK y HADDOCK. En el proceso se identificaron cinco aptámeros con energías de acoplamiento hacia TcTS inferior a -140.3 unidades, lo cual es significativamente menor a la energía de acoplamiento con TrTS. Se identificaron polimorfismos en el gen que codifica para la TcTS evaluada y las regiones inmunogénicas putativas en la proteína, con lo que se descartó la presencia de interferentes moleculares en el sitio de unión de los aptámeros. Se recomienda validar los aptámeros Apta3384M5, Apta3989 y Apta3989M3 en ensayos de afinidad in vitro para determinar su funcionalidad en el desarrollo de pruebas de flujo lateral que permitan la detección rápida de la enfermedad de Chagas en su fase aguda. (A)