Diseño in silico de cebadores a partir de genes de resistencia a condiciones alcalinas para el tamizaje de microalgas alcalófilas y alcalino tolerantes.

Abstract

El cultivo de microalgas se perfila, a futuro, como un modo de producción de biomasa y metabolitos secundarios de alto valor agregado. Además, puede asociarse a la generación de emisiones de dióxido de carbono, haciendo sostenible al sistema. Actualmente, los cultivos a escala industrial son poco viables por la dificultad de controlar las condiciones óptimas de cultivo en volúmenes importantes, elevando así los costos de mantenimiento. Utilizar microalgas adaptadas a condiciones alcalinas de cultivo minimiza el problema, ya que los cultivos alcalinos son menos susceptibles a contaminación por otros microorganismos y son capaces de captar CO2. La alcalinotolerancia y alcalofilia se deben principalmente a proteínas de membrana que regulan la entrada y salida de iones alcalinos y protones, garantizando la homeostasis a pH elevados. En esta investigación, se propuso el diseño de cebadores para identificar molecularmente especies alcalinotolerantes y alcalofílicas. Se realizó una revisión de las secuencias disponibles en bases de datos para identificar regiones adecuadas para cebadores en los genes asociados. Se realizó igualmente una descripción de las regiones de las proteínas y un análisis filogenético para completar la descripción de estas y la selección de las regiones. Como resultado, se determinó que la mayoría pertenecían a dos superfamilias y que poseían regiones conservadas reducidas, intercaladas con regiones variables y ricas en aminoácidos neutros. No se identificó una región adecuada para diseñar cebadores que identifiquen un número importante de especies, por lo que se diseñaron cebadores para el género Synechococcus por la información disponible y posibilidad de aislamiento en Guatemala. (A)